Pamuklu kulak çubukları doğru kullanılmadığında kulağın tıkanmasına, kulak kanalı derisinin ve kulak zarının hasar görmesine yol açabilir.

Kulak kanalının girişinde, kılların bulunduğu bölgede, deri içindeki özel yağ bezleri tarafından “serumen” adı verilen, koyu sarı veya açık kahverengi renkte doğal bir salgı oluşturulur. Bu salgının kulak kanalını koruyucu, kayganlaştırıcı ve mikroplara karşı koruyucu özellikleri vardır.

Serumen kendiliğinden dışarı doğru atılır ve temizlenmesi gereken de budur. Bunun için kulak kanalı girişinin parmak ucuna sarılan bir pamuk parçası ile silinmesi veya pamuklu kulak çubuğunun kulak kanalına sokulmadan ortadan kenarlara doğru silme hareketi yaparak kullanılması yeterlidir.

Kulak tamamen tıkandığında pamuklu çubuklarla açmak çoğu zaman mümkün değildir. Kulağı tıkayan ve buşon adı verilen tıkaçlar bir hekim tarafından temizlenmelidir.